万宁桥是架设在通惠河上的第一座桥，因而也横跨了南北中轴线。据传说万宁桥的下边桥洞的正中间刻有“北京城”三个大字，北京的“京”字正好坐落在北京城的中轴线上，河水上涨时，如果把这三个字淹在水下，北京就有遭遇水灾的危险，故有“水淹北京城”之说。

民间传说把万宁桥说得神秘莫测，在历史上万宁桥确实是北京城的命脉。1957年，新中国政府在改造通惠河的工程中，后门桥的南头西侧挖出一个长一米多的大石鼠。到了70年代修建地铁时，人们又在正阳门箭楼与当年五牌楼之间的西河沿后身河道中，挖出一匹一米多高的石马，马头向东横向站在水中。这石鼠、石马是做什么用的？为何被埋于地下？两者之间又有何关联？人们纷纷猜测。

原来，这两座石兽之间是全城的子午中轴线。根据天干地支和中国特有的十二生肖说法，鼠居子位，马居午位，鼠西马东，恰好就是子午线。令后人们更为不解的是，在没有精密仪器测量的年代，古人们核准的中轴线竟与现代用科学方法测量的结果基本无误。

如今，这座元朝遗存的石桥依然横跨在通惠河上，方便着来来往往的人们。其桥身也因年代久远，不断修补，整体色泽也不一样。仔细观察，人们会发现有一部分带暗黑色的石栏是当年元朝遗存，而色泽明显亮丽的地方是因为石桥年久残破近年来修补的痕迹。