要说棉花胡同名字的来由，有两种说法，其一是来自个故事。

1449年明英宗朱祁镇在宦官王振的怂恿下，御驾亲征来犯的瓦剌，结果用兵不当失败被俘，史称“土木堡之变”。英宗被俘之后，瓦剌继续南下攻打北京，朝中大臣纷纷要求迁都，时任兵部左侍郎的于谦则坚决反对，力主抵抗，于是升任兵部尚书，率全城军民抵抗。就在瓦剌军队将北京城团团围住时，为了自给自足，于谦命令在此街纺棉，一条街从南到北，都参与其中，其景尤为壮观，“棉花胡同”也从此叫开。

另一说法是明末著名女将军秦良玉三次率领白杆兵，北上勤王，并拿出自己的全部家产作为军饷，以补朝廷因连年应战而造成的军需不足。四川营胡同和棉花胡同就是当年秦良玉京城驻兵的地方，因为明末国库空虚，秦良王率军在此胡同纺织棉布，筹集军饷而得名。