碧云寺的泉水自古就以卓锡名之。明代诗人穆光胤用“杖锡原龙化，山泉一卓通。根深连地脉，溜曲绕珠宫。小时吼惊雨，斜飞不任风。朅来一酒濯，顿觉世缘空。”的诗句真切地描述了卓锡泉流经碧云寺的情景。并以“杖锡原龙化，山泉一卓通”引出了一个典故，说明了“卓锡”的由来。

相传，禅宗第六世祖惠能大师，经过广东大庾岭时，因为步行了很长时间口渴至极，便用手里的禅杖一戳地下的石头，石隙间顿时涌出清泉。“锡杖”就是僧人出行时使用的禅杖，因为上面有锡制小环，而被称为杖锡。碧云寺卓锡泉不知是否也经高人“点戳”。

总之，此水水质清澄，甘甜爽口，据说乾隆曾将此泉与天下第一泉“玉泉”进行比较，在《御制玉泉山天下第一泉记》中写道：“......清凉山白沙门，虎邱及碧云寺泉各重玉泉一分，玉泉斗轻三厘......”但很可惜，卓锡泉水后来被地下煤窑水污染，如今只能灌养树木了。